"Osmanlı Devleti'nin içinde bulunduğu topluluk, Genel Savaş'ta yenilmiş, Osmanlı ordusu her yanda    zedelenmiş, koşulları ağır bir ateşkes imzalanmış, Büyük Savaş'ın uzun yılları boyunca ulus, yorgun    ve yoksul bir durumda. Ulusu ve ülkeyi Genel Savaş'a sürükleyenler, kendi yaşamları kaygısına   düşerek yurttan kaçmışlar. Padişah ve Halife olan Vahdettin, soysuzlaşmış, kendini ve tahtını    koruyabileceğini umduğu alçakca önlemler araştırmakta, Damat Ferit Paşa'nın başkanlığındaki   hükümet, güçsüz, onursuz, korkak; yalnız Padişah'ın isteklerine uymuş, onunla birlikte kendilerini   koruyabilecek herhangi bir duruma boyun eğmiş..."  Kısaca söylemek gerekirse, Mustafa Kemal Paşa İstanbul'a döndüğü zaman, Osmanlı Başkenti'ni kayıtsız şartsız işgalci güçlere teslim edilmiş bir durumda buldu. Osmanlı Padişahı ve Halife Vahdettin'in kişisel durumunu korumak için olaylara sessiz kalışını ise, hiç affedemedi. Bu işgal ile İstanbul, fethedilmesinden bu yana, Türk tarihinin en kara günlerini yaşamaya başlayacaktı.

   Padişah Vahdettin, bölgedeki bu güvensizliği ve olumsuzlukları gidermek için, siyasete fazla karışmamış ve İttihatçılarla işbirliği içinde olmayan, ordu içinde saygınlığı bulunan, yetenekli bir generalin bu sorunları çözebileceği konusunda ikna edilmişti. Öte yandan, savaş sırasında bir aralık Şehzade Vahdettin ile Almanya gezisine de katılan Mustafa Kemal Paşa, daha sonra Vahdettin Padişah olunca , onun "fahri yaveri" sanını almış ve güvenini kazanmış, ayrıca kendisine Anadolu'da görev verilmeden önce de dört defa padişah ile görüşme olanağı bulmuştu. 
 

Bütün bunlara ek olarak, padişahın yakınında bulunanlardan bazı kimseler de Karadeniz yöresindeki olayları Mustafa Kemal Paşa'nın çözümleyebileceği konusunda ona olumlu referanslar vermişlerdi. Vahdettin'in Mustafa Kemal'den en büyük beklentisi, Karadeniz ve Doğu Anadolu'da  güvenliğin sağlanması ve Mondros Ateşkesi koşullarına uyulması konusunda özen gösterilmesiydi. Damat Ferit ise, kendisinin kurduğu hükümetleri devirebileceği kaygısı içinde olup, bir an önce onun Başkent'ten uzaklaştırılmasından yana idi

   Bu sıralarda Mustafa Kemal Paşa'nın, düşüncelerini paylaşan bir çok üst düzey askeri ve siyasi görevlilerle sıkı bir ilişki içinde olduğu anlaşılmaktadır. Bunlar arasında; Kâzım (Karabekir), Fevzi (Çakmak), Cevat (Çobanlı) ve Rauf (Orbay) gibi tanınmış kişilerin varolduğu bilinmektedir. Bu kişiler de ulusal amaçların Anadolu'ya geçmeden korunamayacağı konusunda, onunla uzlaşma içinde bulunuyorlardı. Kısaca söylemek gerekirse, Mustafa Kemal Paşa, karşısına çıkan bu fırsatı kullanarak, tarihin akışını değiştirmek gibi, büyük bir görevi yüklenmiş, Anadolu'ya gitmeye karar vermiştir. Mustafa Kemal, Büyük Söylev'de bu konuyu anlatırken; Vahdettin ve yandaşlarının kendisine bu görevi "bilerek ve isteyerek vermediklerinden" söz eder ve Anadolu'da bütünüyle "bağımsız ve ulusal bir devlet kurma düşüncesinin daha İstanbul'dan yola çıkmadan kafasında varolduğunu, Samsun'da karaya ayak basar basmaz da bunu uygulamaya koyduğunu..." savunur. 
 

Mustafa Kemal Paşa'nın bu göreve atanmasından sonra, kendisiyle aynı görüşü paylaşan kurmay subayların bir listesini yaptığı, bölgedeki yetkilerinin olabildiğince geniş tutulmasına özen gösterdiği ve bir süre yetecek kadar toplu maaş alarak ,Dokuzuncu Ordu Müfettişiliği görevi ile (daha adı değiştirilerek Üçüncü Ordu oldu) Samsun'a gittiği anlaşılmaktadır.

   İngilizler'in, Mustafa Kemal'in Anadolu'ya gönderilmesine karşı çıkmamalarının belki de en önemli nedeni; Onun İstanbul'daki siyasi faaliyetlerinin ve hükümete yönelik eleştirilerinin son bulmasını istemiş olmalarının yanı sıra, yetkilerinin çok geniş tutulması konusunda geniş bilgi sahibi olmayışları, o sıralarda Mustafa Kemal'in çok tanınmış üst rütbede bir general olmaması ve Türklerin bir ulusal kurtuluş hareketine girişecekleri konusuna ihtimal bile vermemelerinden ileri gelmiştir. İngilizler, çok geçmeden büyük bir yanılgı içine düştüklerini anlamışlar, ancak Mustafa Kemal'in deyimi ile artık "kuş uçmuştu".

   22 Haziran 1919 tarihinde, yaveri Cevat Abbas (Gürer) Bey'e , Amasya Genelgesi'ni yazdırdı. Bu bildirge, Anadolu İhtilali'nin ilk ve en önemli resmi belgesidir. İşgallerin genişlemesine bir tepki olarak hazırlanmış, bu duruma kayıtsız kalan İstanbul Hükümeti uyarılmış ve suçlanmıştır. Bu bildiri ile Mustafa Kemal Paşa, devletin bağımsızlığını, yurdun ve ulusun bütünlüğünü ve güvenliğini sağlayamayan işbaşındaki Hükümeti'ni, Türk kamuoyu önünde mahkum etmiştir. Amasya Genelgesi'nde şu önemli konular üzerinde durulmuştur :

1. Yurdun bütünlüğü ve ulusun bağımsızlığı tehlikededir.
2. İstanbul'daki hükümet sorumluluklarının gereklerini yerine getiremediği için, ulusumuz  yokolmuş gibi görünmektedir.
3. Ulusun  bağımsızlığını, yine ulusun kesin kararı ve direnişi kurtaracaktır.
4. Ulusun  içinde bulunduğu durumu anlatacak ve haklarını bütün dünyaya duyuracak, her türlü etki ve denetimden uzak ulusal bir kurulun varlığı zorunludur.
5. Anadolu'nun en güvenilir yeri olan Sivas'ta, ulusal bir kongrenin en kısa zamanda toplanması kararlaştırılmıştır. Bunun için her ilden, halkın güvenini kazanmış üç kişi seçilerek, tam bir gizlilik içinde yola çıkarılmalıdır.
6. Doğu illeri adına,10 Temmuz 1919 tarihinde, Erzurum'da bir kongre toplanacaktır. O tarihe kadar öteki illerden gelecek delegeler Sivas'a gelebilirlerse, Erzurum Kongresi'nin üyeleri de Sivas'ta yapılacak genel kongreye katılmak üzere yola çıkacaklardır.

Genelgenin önemi

1. Bu genelgede, Türk Kurtuluş Savaşı'nın amacı, gerekçesi ve yöntemi belirtilmiştir.
2. Osmanlı Hükümeti'nin Türk Ulusu'na karşı sorumluluğunu yerine getirmediği, ilk kez bu genelgede kamuoyuna duyurulmuştur.
3. Genelge, ulusa, egemenliğini kendi eline alması yolunda bir çağrıydı. Bu çağrının gerekçesi de birinci maddede belirtilmişti.
4. Genelgenin 3.,4., 5. ve 6. maddeleri, ulusal savaşın nasıl gerçekleştirileceğini açıklamaktaydı. İstanbul Hükümeti'nin davranışına karşılık, ulus de bu örgütü yok saymalı kendi iradesiyle bağımsızlığını korumaya çalışmalıydı. Böylece bu genelge ile Ulus hem Osmanlı Hükümeti'ne hem de Anlaşma Devletleri'ne karşı ayaklanmaya çağırılmaktaydı.
5. Yine bu genelgede ulusal egemenlik ilkesinden ilk kez söz edilmiş, iktidarın ve iradenin ulusa ait olduğu ilk kez açıklanmıştır.
6. Ulusal güçleri birleştirme gereği de ilk kez bu belgede belirtilmiştir.
7. Mustafa Kemal, bu genelge ile dış dünyaya, Anadolu'yu paylaşmak isteyen işgalci güçlere karşılarında artık İstanbul Hükümeti değil, ulusun gerçek temsilcilerinin olduğunu açıklamış oluyordu.
8. Kongre için gelecek temsilcilerin seçimi ulusal derneklere bırakılmıştır. Böylece ulusal savaş yanlısı en güvenilir kişilerin seçilmesi sağlanmıştır.